Nhiễm trùng ổ bụng - Hướng dẫn của Bộ Y tế về định hướng chỉ định xét nghiệm vi sinh lâm sàng

”Bài viết biên soạn dựa theo “Hướng dẫn chỉ định và sử dụng xét nghiệm vi sinh lâm sàng

Do Bộ Y tế ban hành theo quyết định số 3612-QĐ-BYT ngày 21 tháng 11 năm 2025

1 Đại cương

Nhiễm trùng ổ bụng là nguyên nhân quan trọng gây tử vong và tàn tật, đứng hàng thứ hai trong các nguyên nhân phổ biến nhất gây nhiễm trùng huyết trong các khoa hồi sức tích cực. Các nhiễm trùng trong ổ bụng điển hình thường do viêm hoặc thùng ống tiêu hoá như viêm ruột thừa, bệnh lý loét dạ dày, viêm túi thừa. Bệnh nhân có viêm phúc mạc toàn thể có thể do thủng nguyên phát, các nguyên nhân sau phẫu thuật, can thiệp hoặc chẩn thương.

2 Phân loại

2.1 Nhiễm trùng ổ bụng không biến chứng (Uncomplicated abdominal infections)

Nhiễm trùng ổ bụng không biến chứng liên quan đến bệnh lý viêm trong ống tiêu hoá nhưng không vỡ về giải phẫu. Điều trị các nhiễm trùng này thường đơn giản nhưng dễ điều trị muộn hoặc không phù hợp, hoặc nhiễm trùng liên quan đến vi khuẩn thuộc vi hệ có độc lực cao và có nguy cơ đáng kể tiến tiến triển thành nhiễm trùng ổ bụng có biến chứng.

2.2 Nhiễm trùng ổ bụng có biến chứng (Complicated abdominal infections)

Nhiễm trùng ổ bụng có biến chứng đã vượt khỏi các cơ quan ban đầu và lan vào khoang phúc mạc. Các nhiễm trùng này gây viêm phúc mạc, có thể khu trú hoặc toàn thể. Viêm phúc mạc khu trú thường biểu hiện bởi hình thành áp-xe. Viêm phúc mạc toàn thể được phân loại thành nguyên phát (primary peritonitis), thứ phát (secondary peritonitis), tái phát (tertiary peritonitis).

-    Viêm phúc mạc nguyên phát do vi khuẩn và cổ trướng (SPB: Spontaneous Bacterial Peritonitis): Nhiễm trùng này được cho là hậu quả của quá trình thẩm lậu vi khuẩn qua thành ống tiêu hoá hoặc hệ bạch huyết của ruột. Viêm phúc mạc nguyên phát có thể là biến chứng của các bệnh lý có hội chứng cổ chướng như suy tim và Budd-Chiari, hội chứng thận hư, xơ gan mất bù. Trên 90% các trường hợp viêm phúc mạc nguyên phát là do một loại vi khuẩn. Các căn nguyên gây bệnh thường gặp được liệt kê trong bảng 1.  

-    Viêm phúc mạc thứ phát bội nhiễm vi khuẩn: Có nhiều nguyên nhân gây viêm phúc mạc thứ phát bao gồm chấn thương do điều trị hoặc do tai nạn, thủng, loét, hoại tử các đoạn của ống tiêu hoá (viêm ruột thừa vỡ, thủng dạ dày, tá tràng do loét, thủng đại tràng (sigma), ung thư, viêm tuỵ hoại tử, phẫu thuật, thương hàn hoặc áp xe trong ổ bụng. Các biến chứng từ phẫu thuật giảm cân cũng có thể gây viêm phúc mạc thứ phát. Ngoài ra viêm phúc mạc cũng là biến chứng thường gặp và quan trọng ở bệnh nhân lọc màng bụng. Các nhiễm trùng thứ phát thường có nguồn gốc bội nhiễm hệ vi sinh vật từ các đoạn khác nhau của ống tiêu hoá và đường sinh dục. Tuy nhiên, không giống như SBP, viêm phúc mạc thứ phát có xu hướng do nhiều loại vi khuẩn và có thể bao gồm hệ vi sinh vật kỵ khí. Các nguyên nhân phổ biến bao gồm vi khuẩn Gram âm hiếu khí và kỵ khí (Bacteroides spp, E. coli, Klebsiella spp) và vi khuẩn Gram dương (Clostridium spp, Enterococcus spp, và ít phổ biến hơn là Bifidobacteria spp. và Peptostreptococcus spp). Các biến chứng nhiễm trùng sau phẫu thuật giảm béo thường do cầu khuẩn Gram dương và nấm men (Candida spp) (Bảng 1):   

+ Dạ dày và tá tràng: Streptococcus, Lactobacillus 

+ Đường mật: E. coli, Klebsiella, Enterococcus 

+ Ruột non: E. coli, Klebsiella, Lactobacillus, Streptococci, Diptheroids, Enterococci.

+ Đại tràng: Bacteroides fragilis, Clostridium spp., E. coli, Enterobacter spp., Klebsiella spp., Peptostreptococci, Enterococci

+ Các chỉ định cần lưu ý với phòng xét nghiệm là Cytomegalovirus (CMV), N. gonorrhoeae PCR và nuôi cấy vi khuẩn kỵ khí. Không nên cấy dịch màng bụng trong chai cấy máu vì sự phát triển cạnh tranh của hệ vi sinh vật trong bệnh phẩm có thể lấn át các vi khuẩn gây bệnh mọc trong môi trường nuôi cấy.

Viêm phúc mạc tái phát (tertiary peritonitis): là viêm phúc mạc dai dăng, tái phát sau điều trị viêm phúc mạc thứ phát không thành công. Viêm phúc mạc tái phát thường phát triển ở bệnh nhân suy giảm miễn dịch hoặc những người có bệnh kèm theo nghiêm trọng. Các tác nhân thường gặp: Enterococcus - VRE, Candida, hoặc vi khuẩn sản xuất màng sinh học như Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus epidermidis (Bảng 2). Viêm phúc mạc do vi sinh vật bất thường hoặc phát triển chậm như nấm sợi và Mycobacteria spp cũng là một nguyên nhân quan trọng ở các nước đang phát triển, đặc biệt ở những bệnh nhân nhiễm HIV. Chỉ định cấy dịch phù hợp với viêm phúc mạc nguyên phát hoặc thứ phát, trong khi cấy dịch viêm phúc mạc tái phát thường âm tính với vi khuẩn.

-    Viêm phúc mạc liên quan đến lọc màng bụng (PDAP: Peritoneal Dialysis-associated Peritonitis): Nhiễm trùng có xu hướng do một loại vi khuẩn và hiếm khi do vi khuẩn kỵ khí. Về số lượng nuôi cấy dương tính, vi khuẩn Gram dương (chủ yếu là Staphylococcus spp., sau đó là Streptococcus và Corynebacteria spp) chiếm > 60%; vi khuẩn Gram âm, (chủ yếu là E. coli, Klebsiella và Enterobacter spp) chiếm < 30%; vi khuẩn kỵ khí chiếm < 3% số chủng phân lập. Nấm, đặc biệt là các loài Candida có số ca nhiễm trùng tương tự vi khuẩn kỵ khí. Kết quả nuôi cấy âm tính chiếm khoảng >20% các trường hợp PDAP. Cấy trực tiếp dịch thẩm tách hoặc dịch thẩm tách đậm đặc vào chai cấy máu đã được chứng minh là có hiệu quả. Khi kết quả nuôi cấy dịch ban đầu âm tính, nên tiến hành nuôi cấy bổ sung đối với các vi sinh vật phát triển chậm như Nocardia hoặc Mycobacteria và nấm sợi.  

-    Tổn thương gan: Cần phân biệt các tổn thương nang gan do ký sinh trùng (Entamoeba histolytica và Echinococcus) với các áp xe sinh mủ do vi khuẩn hoặc nấm gây ra. Vị trí, kích thước và số lượng áp xe gan thường không hữu ích cho mục đích phân biệt vì phần lớn tổn thương nằm ở thùy phải và có thể có một hoặc nhiều ổ. Lấy mẫu ở thành ổ áp xe và dịch bên trong. Nên chỉ định xét nghiệm tìm ký sinh trùng, nuôi cấy vi khuẩn hiếu khí và kỵ khí (Bảng 37). Cấy máu cũng có thể hữu ích trong việc xác định nguyên nhân nếu được thu thập trước khi bắt đầu điều trị bằng kháng sinh. Đôi khi, bệnh nhân bị nhiễm trùng sinh dục nguyên phát do N. gonorrhoeae hoặc C. trachomatis có thể liên quan đến nang gan hoặc phúc mạc lân cận (hội chứng Fitz-Hugh-Curtis). Việc điều trị bằng phẫu thuật và thu thập mẫu bệnh phẩm phải được tiến hành hết sức thận trọng để tránh lây lan.  

Nhiễm trùng đường mật: Vi khuẩn là nguyên nhân chính gây nhiễm trùng đường mật (chủ yếu là viêm túi mật và viêm đường mật) và áp xe gan sinh mù (bảng 1). Ngoài ra các ký sinh trùng như Ascaris và Clonorchis spp hoặc các ký sinh trùng khác có thể cư trú trong đường mật dẫn đến tắc mật. Nên chỉ định nhuộm Gram và nuôi cấy vi khuẩn hiếu khí (nuôi cấy vi khuẩn kỵ khí nếu dịch hút được bảo quản và vận chuyển trong điều kiện kỵ khí thích hợp). Có thể cấy dịch vào chai cấy máu nhưng lưu ý vi khuẩn gây bệnh có thể bị mọc lấn át trong trường hợp nhiễm nhiều loại vi khuẩn. Khi có dấu hiệu nhiễm trùng huyết và viêm phúc mạc, cũng nên cấy máu và cấy dịch phúc mạc. Đối với bệnh nhân nhiễm HIV, các tác nhân tiềm ẩn còn có thể bao gồm Cryptosporidium, Microsporidia, Cystoisospora (Isospora) belli, CMV và Mycobacteria avium complex.

Áp xe lách: Hầu hết áp xe lách là kết quả của quá trình nhiễm trùng di căn hoặc tiếp giáp, chấn thương, nhồi máu lách hoặc ức chế miễn dịch. Nhiễm trùng rất có thể là hiểu khí và một tác nhân nhưStaphylococcus spp, Streptococcus spp, Enterococcus spp, Salmonella spp và E. coli. Vi khuẩn kỵ khí chiếm khoảng 5 - 17% trường hợp nuôi cấy dương tính. Chỉ định xét nghiệm giống như áp xe gan sinh mù bao gồm nhuộm Gram, nuôi cấy hiếu khí và kỵ khí mù áp xe, cấy máu (Bảng 2). Các nguyên nhân hiếm gặp gây áp xe lách bao gồm Bartonella spp, Streptobacillus moniliformis, Nocardia spp và Burkholderia pseudomallei (không phổ biến ngoài khu vực Đông Nam Bộ), Châu Á hoặc không có lịch sử du lịch gợi ý). Cần thông báo cho phòng xét nghiệm nếu chỉ định xét nghiệm B. pseudomallei tác nhân có khả năng khủng bố sinh học để tăng cường các biện pháp phòng ngừa an toàn sinh học. Cần lưu ý các tác nhân Mycobacteria spp, nấm (bao gồm cả Pneumocystis jirovecii) và ký sinh trùng ở những bệnh nhân suy giảm miễn dịch.

-    Viêm tụy thứ phát: Hầu hết các trường hợp viêm tụy cấp hoặc mãn tính đều do tắc nghẽn, tự miễn hoặc uống rượu. Hoại tử mô tụy có thể gây ra ổ nhiễm trùng. Căn nguyên gây viêm tụy cấp rất nhiều và đa dạng. Tuy nhiên, viêm tụy bội nhiễm thường do vi khuẩn Đường tiêu hóa như E. coli, Klebsiella spp và các thành viên khác của Enterobacterales, Enterococcus spp, Staphylococcus spp, Streptococcus spp và Candida spp. gây ra. Bệnh phẩm mô hoại tử hoặc dịch hút tụy cần được chỉ định nhuộm Gram, nuôi cấy vi khuẩn hiếu khí và cấy máu ngoại vi (Bảng 2). Kết quả kháng sinh đồ rất hữu ích để điều trị, giảm khả năng nhiễm trùng huyết, giảm lây nhiễm sang các cơ quan lân cận và giảm tỷ lệ tử vong. Trường hợp nuôi cấy mô tụy hoại tử âm tính cần tìm kiếm thêm các vi khuẩn phát triển chậm, nấm, ký sinh trùng hoặc vi rút. 

3 Xét nghiệm 

Các yếu tố cần xem xét khi lấy mẫu xét nghiệm để chẩn đoán nhiễm trùng ổ bụng: 

-    Lấy mẫu trước khi sử dụng kháng sinh để có độ nhạy cao nhất. 

-    Sát trùng vị trí lấy mẫu bằng cồn, Dung dịch chứa iod để phòng mẫu bị nhiễm bẩn hoặc gây nhiễm trùng cho bệnh nhân.  

-    Sử dụng kỹ thuật chọc hút qua da vô trùng để lấy dịch ổ bụng.  

-    Những điểm chính để chẩn đoán Vi sinh nhiễm trùng ổ bụng: 

-    Quan trọng nhất là phải lấy được đúng loại bệnh phẩm - hạn chế sử dụng tăm bông.  

-    Phải thu thập đủ số lượng mẫu để có thể thực hiện được các xét nghiệm cần thiết. 

Mẫu bệnh phẩm áp xe phải bao gồm các chất bên trong và bờ viền của áp xe. Tùy thuộc vào lâm sàng, hai mẫu này có thể đựng chung một lọ chứa mẫu hoặc riêng biệt.

Riêng bệnh phẩm mù có thể không quan sát thấy tác nhân gây bệnh bằng kết quả nhuộm Gram trực tiếp hoặc phương pháp nhuộm trực tiếp khác vì các bạch cầu đoạn trung tính có thể phá hủy hình thái của vi khuẩn.

Đa số các xét nghiệm sinh học phân tử đều có độ nhạy cao. Tuy nhiên, xét nghiệm Mycobacterium tuberculosis PCR (NAAT) được coi là phương pháp hỗ trợ cho xét nghiệm nuôi cấy và không nên chỉ định riêng lẻ. Hiện tại các sinh phẩm thương mại này chưa được FDA phê duyệt, vì vậy các phòng xét nghiệm phải có thẩm định phương pháp trước khi sử dụng.

Nếu phát hiện M. tuberculosis thường là dấu hiệu của bệnh lan tỏa và phải được cân nhắc.

Bảng 1. Các căn nguyên liên quan đến nhiễm trùng trong ổ bụng 

Bảng 2. Bệnh phẩm xét nghiệm nhiễm trùng ổ bụng