Nhiễm trùng đường tiêu hoá - Hướng dẫn của Bộ Y tế về chỉ định xét nghiệm vi sinh

Bài viết biên soạn dựa theo

“Hướng dẫn chỉ định và sử dụng xét nghiệm vi sinh lâm sàng”

Do Bộ Y tế ban hành theo quyết định số 3612-QĐ-BYT ngày 21 tháng 11 năm 2025

1 Đại cương

Nhiễm trùng Đường tiêu hóa bao gồm nhiều bệnh cảnh với nhiều tác nhân gây bệnh khác nhau. Một số bệnh cảnh, đặc biệt là tiêu chảy không gây viêm và viêm dạ dày ruột cấp tính trong thời gian ngắn, không cần chỉ định thực hiện xét nghiệm. Xét nghiệm vi sinh lâm sàng được chỉ định khi muốn chẩn đoán tác nhân gây bệnh viêm thực quản, viêm dạ dày, viêm dạ dày-ruột và viêm trực tràng.

Những điểm cần lưu ý khi sử dụng xét nghiệm vi sinh lâm sàng trong nhiễm trùng đường tiêu hóa:

• Mẫu bệnh phẩm để chẩn đoán bệnh tiêu chảy là mẫu phân lỏng, không phải là mẫu có hình dạng bình thường hoặc mẫu phân được phết bằng tampon; ngoại trừ ở trẻ em, mẫu phân được phết bằng tampon có thể được chấp nhận nếu quan sát thấy có phân dính trên tampon.
• Xét nghiệm độc tố hoặc phát hiện axit nucleic của C. difficile chỉ nên thực hiện với mẫu phân lỏng, không có hình dạng bình thường, trừ khi bệnh nhân bị tắc ruột.

1.1 Viêm thực quản

Viêm thực quản thường do nguyên nhân không nhiễm trùng, chẳng hạn như bệnh trào ngược dạ dày. Nguyên nhân do nhiễm trùng thường gặp ở bệnh nhân bị suy giảm miễn dịch. Soi tìm nấm bằng calcofluor, Kali hydroxit (KOH) hoặc soi tìm vi khuẩn bằng nhuộm Gram từ mẫu dịch rửa thực quản kết hợp với mô bệnh học và nuôi cấy vi rút từ mẫu sinh thiết thực quản sẽ xác định chẩn đoán trong hầu hết các trường hợp.

1.2 Viêm dạ dày

Helicobacter pylori có liên quan đến viêm teo dạ dày, loét dạ dày-tá tràng và ung thư dạ dày. Vì vậy, chẩn đoán nhiễm H. pylori quan trọng để điều trị làm giảm các biến chứng. Xét nghiệm H. pylori được khuyến cáo cho tất cả bệnh nhân có loét dạ dày-tá tràng, lymphoma mô lympho liên quan đến niêm mạc dạ dày (gastric mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma) và ung thư dạ dày giai đoạn sớm.

Xét nghiệm H. pylori có thể xâm lấn hoặc không xâm lấn.

Các xét nghiệm xâm lấn bao gồm soi nhuộm Gram và nuôi cấy H. pylori, khảo sát mô bệnh học và test urease trực tiếp từ mẫu sinh thiết qua nội soi ở bệnh nhân không dùng kháng sinh và thuốc ức chế bơm proton trong 2 tuần trước khi nội soi, như vậy, gây ra rủi ro lớn hơn cho bệnh nhân. Nuôi cấy, dù không được thực hiện thường quy, có thể cung cấp kết quả kháng sinh đồ của vi khuẩn. Soi nhuộm Gram và nuôi cấy H. pylori nếu lấy mẫu và vận chuyển mẫu đúng cách có độ nhạy 95%, bằng với khảo sát mô bệnh học.

Các xét nghiệm không xâm lấn như test hơi thở và xác định kháng nguyên trong phân có ưu điểm là bệnh nhân không cần nội soi và sinh thiết dạ dày. Test hơi thở có độ nhạy khoảng 95%; test kháng nguyên trong phân có độ nhạy 88%-98%, độ nhạy ở người lớn cao hơn ở trẻ em. Các xét nghiệm không xâm lấn hữu ích trong việc theo dõi hiệu quả điều trị diệt trừ vi khuẩn.

Chẩn đoán huyết thanh có độ nhạy và độ đặc hiệu thấp hơn, với độ nhạy (<90%), độ đặc hiệu (90%) và không có ích cho việc theo dõi điều trị.

1.3 Viêm dạ dày ruột, tiêu chảy nhiễm trùng và do độc tố

Nhiễm trùng đường tiêu hóa có triệu chứng đa dạng với nhiều tác nhân gây bệnh. Chẩn đoán bệnh tiêu chảy dựa vào tuổi và tình trạng của bệnh nhân, độ nghiêm trọng của bệnh, thời gian và phân loại bệnh, các mùa trong năm và khu vực địa lý.

Xét nghiệm phân bằng phương pháp nuôi cấy hoặc phương pháp không nuôi cấy được chỉ định cho tiêu chảy nặng, tiêu ra máu, sốt, hội chứng lỵ, nhiễm trùng bệnh viện hoặc tiêu chảy dai dăng. Cần có sự trao đổi giữa lâm sàng và phòng xét nghiệm vi sinh để xác định vi sinh vật nào cần tìm, phương pháp nào cần thực hiện.

Hầu hết các phòng xét nghiệm có khả năng nuôi cấy Salmonella, Shigella, một số phòng xét nghiệm có thể nuôi cấy Campylobacter và Escherichia coli sinh độc tố Shiga. Một số phòng xét nghiệm còn có thể phát hiện Clostridium difficile bằng các phương pháp không nuôi cấy và xét nghiệm được các vi khuẩn khác và vi rút gây nhiễm trùng tiêu hóa. Nuôi cấy phân thường ít khi phát hiện được tác nhân gây bệnh, vì vậy khi cần thiết, cần thực hiện các phương pháp không nuôi cấy.

Bệnh phẩm tốt nhất là phân lỏng (phân có hình dạng của vật chứa).

Xét nghiệm nhiều mẫu phân hiếm khi được chỉ định để phát hiện tác nhân gây bệnh. Trong các nghiên cứu ở người lớn, tỷ lệ phát hiện tác nhân gây bệnh trong mẫu phân đầu tiên là 87% -94%, trong mẫu thứ hai là 98%. Ở trẻ em, mẫu phân đầu tiên phát hiện được tác nhân gây bệnh là 98%. Do đó, 1 mẫu với trẻ em và 2 mẫu với người lớn khi cần thiết có thể được cân nhắc.

Trong nuôi cấy, mẫu phết trực tràng có độ nhạy thấp hơn mẫu phân nên không được khuyến cáo cho người lớn, nhưng ở trẻ em, mẫu phết trực tràng và mẫu phân có độ nhạy tương đương. Trong các phương pháp không nuôi cấy, mẫu phết trực tràng có độ bằng mẫu phân, tuy nhiên chưa có xét nghiệm nào từ phết trực tràng được FDA chấp thuận.

Cấy phân

Cấy phân thường được chỉ định để phát hiện vi khuẩn xâm lấn đường tiêu hóa. Khi cấy phân, các phòng thí nghiệm phát hiện thường quy Salmonella, Shigella, và ở một số nơi là Campylobacter và E. coli sinh độc tố Shiga.

Nuôi cấy Salmonella spp. có thể mất 24-72 giờ và được định danh tới mức độ chi, một số phòng xét nghiệm có thể định type huyết thanh. Xét nghiệm tìm các chủng E. coli gây bệnh cần điều kiện nuôi cấy đặc biệt, nên không phải phòng xét nghiệm vi sinh nào cùng có thể thực hiện được. Sàng lọc E. coli sinh độc tố được khuyến cáo chỉ định cho trẻ em.

Cấy Vibrio và Yersinia cần chỉ định đặc biệt vì cần môi trường nuôi cấy và điều kiện ủ riêng. Bác sĩ lâm sàng cần trao đổi với phòng xét nghiệm vi sinh khi nghi ngờ những tác nhân này.

Khi muốn theo dõi hiệu quả điều trị nhiễm trùng, cần chỉ định cấy phân.

Các phương pháp không nuôi cấy

Các phương pháp xét nghiệm không nuôi cấy đang ngày càng phổ biến hơn. Các xét nghiệm khuếch đại axit nucleic (NAAT) có thể là đơn mồi hoặc đa mồi. Cần có sự trao đổi giữa lâm sàng và phòng xét nghiệm vi sinh về những loại tác nhân mà các kit xét nghiệm có thể phát hiện được.

Các phương pháp không nuôi cấy có thể cho kết quả sau 1–5 giờ, nhanh hơn so với 24– 96 giờ của phương pháp nuôi cấy. Các xét nghiệm này có độ nhạy cao hơn so với nuôi cấy, có thể phát hiện cùng lúc nhiều tác nhân, kể cả những tác nhân không nuôi cấy được.

Các phương pháp không nuôi cấy không nên sử dụng để theo dõi điều trị vì phát hiện cả vi sinh vật còn sống và đã chết.

Clostridium botulinum:

Botulism là tình trạng nhiễm độc do ngoại độc tố botulinum của Clostridium botulinum. Chẩn đoán thường không dựa vào kết quả vi sinh mà dựa vào chẩn đoán lâm sàng. Chẩn đoán vi sinh được xác định khi phát hiện độc tố botulinum trong huyết thanh (ở bệnh nhân nhiễm khuẩn từ vết thương, sơ sinh, nhiễm khuẩn từ thức ăn), phân (ở sơ sinh và nhiễm khuẩn từ thức ăn), và dịch dạ dày/chất nôn (ở bệnh nhân nhiễm khuẩn từ thức ăn). Phát hiện độc tố và nuôi cấy Clostridium botulinum được thực hiện ở các phòng xét nghiệm đặc biệt, chuyên sâu.

Clostridium difficile:

Có nhiều phương pháp xét nghiệm để chẩn đoán nhiễm trùng do Clostridium difficile. Cấy phân tìm Clostridium difficile sinh độc tố có độ nhạy và độ đặc hiệu cao nhất trong các xét nghiệm phát hiện C. difficile, nhưng Chỉ Xác định chủng sinh độc tố thì không đặc hiệu cho tình trạng nhiễm trùng, vì tốn nhiều thời gian và công sức nên phương pháp này không được thực hiện thường quy tại các phòng xét nghiệm. So với nuôi cấy tìm chủng sinh độc tố, thử nghiệm gây độc tế bào có độ nhạy 85%-90%, cần 24-48 giờ và nhiều công thực hiện nên cũng ít được thực hiện. Phát hiện độc tố bằng xét nghiệm miễn dịch gắn men (EIA) hoặc sắc ký miễn dịch được sử dụng rộng rãi trong thực hành lâm sàng, có độ nhạy 70%-85% nhưng thời gian cho kết quả nhanh hơn nhiều, dưới 2 giờ.

Xét nghiệm phát hiện cả độc tố A và độc tố B giúp tăng độ nhạy.

Xét nghiệm kháng nguyên glutamate dehydrogenase (GDH) nhạy nhưng độ đặc hiệu kém.

Khuếch đại axit nucleic để phát hiện C. difficile có độ nhạy 93% -100%.

Để giảm thời gian và chi phí, tăng độ chính xác cho chẩn đoán bệnh liên quan đến C. difficile, một số phòng xét nghiệm sử dụng quy trình với GDH là test sàng lọc nhanh, kết hợp với các phương pháp khác để khẳng định.

Ở trẻ em, có tình trạng người lành mang mầm bệnh với C. difficile, vì vậy xét nghiệm thường quy không cần thực hiện ở trẻ em <2 tuổi, đặc biệt là trẻ <1 tuổi. Với trẻ <2 tuổi, nên tìm các nguyên nhân khác trước, chỉ tìm C. difficile khi không tìm được các nguyên nhân khác và các triệu chứng nặng hoặc biểu hiện lâm sàng phù hợp với nhiễm C. difficile.

Ký sinh trùng

Số lượng mẫu bệnh phẩm để khảo sát, chẩn đoán nhiễm/ bệnh do ký sinh trùng vẫn còn nhiều ý kiến khác nhau vì tùy thuộc vào tác nhân ký sinh trùng hay đơn bào gây bệnh và loại bệnh phẩm, giai đoạn tiến triển của bệnh và mục đích thực hiện. Các quy trình soi bệnh phẩm tươi truyền thống khuyến cáo soi 3 mẫu trong khoảng thời gian 7-10 ngày để khảo sát trứng, ấu trùng và ký sinh trùng non và trưởng thành. Hiện nay, để tiết kiệm chi phí, mẫu thứ hai được gửi kiểm tra khi mẫu thứ nhất âm tính và bệnh nhân còn triệu chứng, mẫu thứ 3 được gửi nếu vẫn âm tính và bệnh nhân còn triệu chứng.

Xét nghiệm huyết thanh miễn dịch hoặc phản ứng khuếch đại acid nucleic (NAAT) có thể áp dụng cho một số loại ký sinh trùng ở người, nhất là các bệnh do “ấu trùng ngõ cụt ký sinh” truyền từ động vật sang người thường gặp nhất ở những khu vực địa lý có lưu hành bệnh, quần thể nguy cơ và các bác sĩ lâm sàng yêu cầu cũng có thể được sử dụng như một bước sàng lọc trên các bệnh nhân có dấu chứng chỉ điểm và bệnh nhân có các yếu tố nguy cơ cần phải kiểm tra trứng và ký sinh trùng (ova and parasite testing-OPT) đầy đủ. Việc xét nghiệm có thể làm nhiều mẫu ở những thời điểm khác nhau, nhưng có những tác nhân chỉ làm một lần như huyết thanh miễn dịch cho Giardia spp.

Lợi điểm của các xét nghiệm miễn dịch hoặc sinh học phân tử là có thể phân biệt rõ ràng loài ký sinh trùng trong một số trường hợp mà phương pháp hình thái khó phân biệt rõ ràng, ví dụ trong xét nghiệm soi bệnh phẩm tươi thường quy không thể phân biệt Entamoeba histolytica gây bệnh với Entamoeba dispar bằng hình thái học, nên phòng xét nghiệm sẽ báo cáo kết quả E. histolytica/ dispar, khi đó dùng xét nghiệm miễn dịch hoặc khuếch đại acid nucleic để phân biệt 2 loài này là tăng độ chính xác.

Điểu kiện bảo quản mẫu nên được trao đổi giữa nhà lâm sàng và quy định phòng xét nghiệm, vì điều kiện này sẽ khác nhau tùy theo từng xét nghiệm thực hiện.

Virus

Tiêu chảy do virus thường có thời gian bệnh ngắn và tự giới hạn.

Có thể dùng xét nghiệm khuếch đại acid nucleic để chẩn đoán virus gây tiêu chảy, nhưng không cần thực hiện thường quy, ngoại trừ ở những người bệnh suy giảm miễn dịch, hoặc khi cần để kiểm soát nhiễm trùng, điều tra dịch tễ.

Ở người bệnh suy giảm miễn dịch, xem xét chỉ định tìm CMV bằng phương pháp khuếch đại acid nucleic định lượng từ mẫu huyết tương, khi kết quả âm tính cũng không được loại trừ và có thể chỉ định xét nghiệm lại.

1.4 Viêm trực tràng

Viêm trực tràng thường do các tác nhân lây truyền qua đường tình dục, hậu quả của tiếp xúc hậu môn - sinh dục, áp xe hoặc nhiễm trùng vết thương quanh trực tràng cũng có thể biểu hiện các triệu chứng tương tự. Một mẫu bệnh phẩm thường đã đủ để chẩn đoán.

2 Xét nghiệm vi sinh lâm sàng

Chú thích: NAAT (nucleic acid amplification test): thử nghiệm khuếch đại acid nucleic
RPR (Rapid Plasma Reagin)
VDRL (Venereal Disease Research Laboratory)